W międzywojennej Polsce ukończył wydział prawa i studium dyplomacji oraz szkołę podchorążych. Po wybuchu wojny trafił do niewoli, jednak udało mu się zbiec i podjąć działalność konspiracyjną. Ze względu na doskonałą pamięć i znajomość języków obcych powierzono mu obowiązki politycznego
emisariusza władz Polskiego Państwa Podziemnego.
W czasie jednej z misji do Francji został aresztowany przez Gestapo. Po brutalnych przesłuchaniach próbował popełnić samobójstwo obawiając się, że podczas kolejnych tortur może zdradzić Niemcom istotne informacje o polskim Podziemiu. Odratowany, trafił do więziennego szpitala, z którego został odbity dzięki pomocy polskiego Związku Walki Zbrojnej.
Przed wyjazdem w kolejną misję Jan Karski zainteresował się losem poddanych eksterminacji Żydów. Zbierając informacje na ten temat, dwukrotnie przedostał się do warszawskiego getta, a także do obozu przejściowego w Izbicy, z którego Żydzi kierowani byli do
W 1942 pod pseudonimem Jan Karski, którego odtąd będzie stale używał, wyruszył do Wielkiej Brytanii, skąd został wysłany do Stanów Zjednoczonych. Miał przedstawić aliantom o sytuacji Polskiego Państwa Podziemnego. Jednym z jego głównych zadań było także poinformowanie społeczności międzynarodowej o tragicznej sytuacji ludności żydowskiej pod okupacją niemiecką. Wstrząsającą relację naocznego świadka przekazał amerykańskim i brytyjskim politykom, dziennikarzom i artystom. Spotkał się miedzy innymi z ministrem spraw zagranicznych rządu brytyjskiego –Anthonym Edenem oraz z prezydentem USA – Franklinem D. Rooseveltem. Jednak dramatyczne apele emisariusza o ratunek dla narodu żydowskiego nie przyniosły rezultatów – większość rozmówców nie dowierzała jego doniesieniom lub je ignorowała.W 2000 r. Jan Karski powołał kapitułę i ustanowił Nagrodę Orła Jana Karskiego dla Polaków, którzy godnie nad Polską potrafią się zafrasować i dla tych, którzy nie będąc Polakami nie pozostają wobec Polski obojętni. Nagroda ma charakter honorowy.